Что у них общего?

Обе камеры совместимы с объективами Canon EF и EF-S.
4К в кропе. Только для 90Д это обычный режим работы, а для R этот режим «урезанный», т.к. матрица полнокадровая.
Отличная эргономика.
Отличный автофокус.
Ёмкие батареи, позволяющие писать около 2-х часов видео на одном заряде.
Один слот карт памяти.
Почти одинаковый вес (660 грамм у R и 701 грамм у 90D)

Плюсы Canon 90D

Она стоит дешевле.
120fps в FullHD против 720p у Canon R.
Есть режим 4К с повышенной резкостью (но с доп.кропом и перегревом).
На 1 год новее. Кроме ощущения новизны — ни на что не влияет.
Есть джойстик и колёсико, больше кнопочек.