Pomidorning ildiz tizimi nihoyatda tarmoqlangan boʻlib, tuproqning chuqur (150 santimetrgacha) qatlamlariga kirib boradi va eniga 1,5-2,5 metr diametrgacha oʻsishi mumkin. Namlik yetarli boʻlganda poyaning barcha qismlaridan ildiz yengil paydo boʻladi, shuning uchun pomidorni nafaqat urugʻi bilan balki vegetativ usulda ham koʻpaytirsa boʻladi.

Pomidorning poyasi oʻtsimon, tik yoki yotib oʻsadi, kuchli yoki kuchsiz shoxlanuvchan boʻlib, poya turiga qarab 30 santimetrdan 2-3 metrgacha oʻsadi. Poyasini va barglarini tuzilishiga qarab pomidor 3 xilga boʻlinadi: shtambli  — poyasi yoʻgʻon, kam shoxlanuvchan, hatto mevalari bilan ham tik turuvchi; shtambsiz  — poyasi ingichka, kuchli shoxnaluvchan, mevasi ogʻirligi taʼsirida yotib qoladigan; kartoshkasimon  — yirik bargli. Shuningdek pomidor poyasi determinant (asosiy poya va yon shoxlari moʻtadil oʻsib, toʻpgul hosil qilish bilan tugaydi) va indeterminant (asosiy poya kuchli oʻsishi bilan farqlanadi, yon shoxlari olib turilganda 2-3 metrgacha oʻsishi mumkin) turlarga boʻlinadi. Determinant pomidor navlari ochiq dalaga ekilsa, indeterminant navlar asosan issiqxonalarda yetishtiriladi.

Gullari ikki jinsli, mayda, sariq rangda, odatda 5-7 ta gultojibargli boʻladi. Changchilari 5-6 ta, konussimon shaklda joylashgan. Gulinig urugʻchisi koʻpchilik navlarda changchilardan iborat konusning ichida joylashadi, bu esa pomidor ekinini 95 % hollarda oʻzidan changlanuvchi boʻlishini taqozo etadi. Ayrim navlarda yoki noqulay ob-havo sharoitlarida (issiq harorat) urugʻchi tumshugʻi changchilardan tepparoqda joylashadi, bunda pomidor gullari chetdan hasharotlar yoki shamol yordamoda changlanishi mumkin.